Từ năm 2004, chiếc nón của Chiếc nón kỳ diệu có nhận diện mới thay cho nhận diện cũ từ 9 tháng 6 năm 2001 đến 27 tháng 12 năm 2003, với các ô 100, 300 - 900 điểm, các ô đặc biệt ở trên sườn nón màu đỏ được giữ nguyên. Tuy nhiên, màu của tên các ô trên thay đổi, chúng được áp dụng cho đến ngày 27 tháng 5 năm 2006 và cho cả format 3 tháng 6 năm 2006 - 10 tháng 2 năm 2007.

Từ 17 tháng 2 năm 2007, ô 200 điểm đã được thêm vào, đồng thời áp dụng thiết kế hoàn toàn mới của chiếc nón, áp dụng cho đến ngày 16 tháng 5 năm 2009. Sau đó, đến giai đoạn 23 tháng 5 năm 2009 - 31 tháng 12 năm 2011, phần chiếc nón lại được thiết kế mới.

Kể từ năm 2012, ngoài phiên bản mới, Chiếc nón kỳ diệu còn có sân khấu mới, các nhạc hiệu của chương trình (bao gồm nhạc hiệu mở đầu, nhạc tính giờ, âm thanh lật ô chữ...) cũng được làm mới hoàn toàn (được sáng tác và biên soạn bởi nhạc sĩ Lưu Hà An) và được áp dụng cho đến khi chương trình kết thúc. Đồng thời, ô Gấp đôi đổi tên thành ô Nhân đôi, các ô 1000 và 2000 điểm được thêm vào, nhận diện tên các ô đặc biệt thay đổi hoàn toàn, đồng nhất với nhận diện tên các ô số điểm, các ô kéo dài vào trong cả tâm chiếc nón, đổi mới hoàn toàn chiếc nón (cho đến 2014).